2015年,日本惊现巨型人型生物,联合国军将其命名为“使徒”并全力攻击,却均以失败告终,就连超强威力的N2炸弹,也仅能短暂拖慢其脚步。此时,少年碇真嗣收到阔别十年父亲的来信,被召唤至第三新东京市地下的NERV总部。碇司令见面便冷冷命令他坐上EVA。