克隆体本身也可能面临健康问题。 有研究显示，48%的克隆小猪在出生一个月内死亡。克隆牛常出现肌肉骨骼问题，例如跛行和肌腱异常。早期研究曾认为克隆体更容易患早发性骨关节炎，后来发现情况可能没那么严重，但目前仍缺乏长期数据。

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