2015年，日本惊现巨型人型生物，联合国军将其命名为“使徒”并全力攻击，却均以失败告终，就连超强威力的N2炸弹，也仅能短暂拖慢其脚步。此时，少年碇真嗣收到阔别十年父亲的来信，被召唤至第三新东京市地下的NERV总部。碇司令见面便冷冷命令他坐上EVA。