承接第二部结局，大反派DIO从海底棺材中诈尸，并觉醒了恐怖的替身能力。为了拯救被DIO诅咒的母亲，空条承太郎（JOJO第五代传人）与外公乔瑟夫·乔斯达组队，集结了暴躁法国猛男波鲁那雷夫、高冷占卜师阿布德尔、闷骚学霸花京院典明，踏上从日本到埃及的远征。