据我所知，有一些蛋白是能结合在单链或者双链dna上的，如转录因子，dna聚合酶。 但是有一些蛋白是不能结合在DNA上的，是要通过与其他蛋白之间的相互作用…

dsRNA：RNA binding protein的时候用的比较多，一般指一条链上面的（因为两条不同链不好做）；如果是做病毒的，又与editing无关，通常指两条链，尤其是病毒复制的时候。 RNA secondary structure：一条链上面的，回答最多的也是这个。 RNA-RNA interaction：专指两条链（以上

严格按照教材，mirna双链>組蛋白-dna双链复合体（即大染色体dna）>病毒rna双链>dna裸双链>rna裸双链>杂交链 . 以上指的是生化稳定性，即生物体中链的保真程度。 力学稳定性上述回答有说明。 核酸通常所处的是有蛋白动态变化的胶体. 微环境。

在生物体内，dna 聚合酶是一种参与 dna 复制的酶，脱氧核苷三磷酸（datp、dctp、dgtp、dttp 统称为 dntps）为底物，沿模板的 3′→5′方向，将对应的脱氧核苷酸连接到新生 dna 链的 3′端上，使新链沿 5′→3′方向延长，合成一条与原有的模板链序列互补的新链。

2023年12月4日 · 这样一来，pcr的双链产物中，所有的双链都在你想要降解的那条单链的5端有磷酸。然后用可以识别这种5’磷酸的酶去处理，这种酶会特异性降解被标记的那一条单链，一个一个核苷酸的消化下去。而对没有被5端磷酸标记的单链，降解活性会显著小。

Cell-free DNA (or cfDNA) 是血浆中提取出来的DNA，是一种游离的DNA，可以理解成没有被包裹的DNA，是细胞凋亡后进入血液中裂解释放出来的DNA，并且没有及时本巨噬细胞所清理留下的产物。Circulating tumor DNA (or ctDNA)是关于肿瘤的游离DNA，是CfDNA的一种。

其中有一种dna识别结合域叫同源结构域，在它所含的至少两个 α螺旋中，其间有由短氨基酸残基形成的“转折”，而第三个 α螺旋与dna大沟相互作用是同源盒蛋白与dna结合的主要力量。结构域n端伸入到dna小沟中，成为与dna的第二个特异性接触位点。

但一些特殊的限制酶识别特定的双链序列，只切割双链 DNA 中的一条链，形成切刻（nicking） 状态的DNA 产物。 切割产生的单链 5' 磷酸和 3' 羟基 末端，可作为很多后续反应的底物，如 DNA 合成置换、链置换扩增、外切降解等。

特别注意，化学键指的是原子间的互作，而氢键特别指分子间互作，所以这两个本身不是一个概念。那么双链DNA（dsDNA）就真的是两个分子吗？ 理论上说是的，但这样讲未免很绝对。虽然氢键是分子间互作，但dsDNA的氢键和一般物质比如水分子的氢键完全不

pcr 技术原理类似于dna 的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物，通过变性- 退火- 延伸三个基本步骤完成。 变性步骤使得模板dna 双链或者pcr 扩增形成的双链dna解离，成为单链，变性温度一般在93 °c 以上；